Después de las guerras napoleónicas, a principios del siglo XIX (1808-1814), la Ciutadella quedó prácticamente abandonada, ya que como fortaleza no se adaptaba a las nuevas formas de hacer la guerra. Sin embargo, en 1827, en el viejo baluarte de San Juan se construyó un fortín con el objetivo de colocar una batería para defender la costa.

Se trata de un recinto cuadrangular que aprovecha en parte los viejos muros de la fortaleza y que integra incluso una de las viejas torres de la muralla medieval. El fortín está dotado de una serie de aspilleras, un tipo de ventana obsoleta en aquella época —cuando ya hacía siglos que no se utilizaban arcos o ballestas—, pero que debían usarse para ventilar el espacio interior.

Interiormente, el fortín se componía de toda una serie de compartimentos alargados, dispuestos radialmente, de los que actualmente solo uno conserva la cubierta, de bóveda de cañón. Aunque parece que inicialmente estaba previsto que dispusiera de dos pisos, el fortín nunca se finalizó completamente.