El monasterio benedictino de Santa María de Roses se fundó a principios del siglo X. Parece que inicialmente se aprovechó y reconstruyó una pequeña iglesia que ya existía desde el siglo IV. El fundador fue el conde Sunyer II de Empúries (862-915), que encargó su construcción al clérigo Argibad. Queda como testigo una inscripción realizada aprovechando el reverso del antiguo altar de la iglesia.

El lugar de construcción, junto al mar, en una época de gran inestabilidad y peligro, provocó que el monasterio siempre fuera concebido como un edificio compacto, cerrado por murallas, casi como un castillo o fortaleza. Las excavaciones arqueológicas han permitido encontrar restos del primer recinto amurallado que parece ser algo más pequeño que el que podemos observar en la actualidad.

Sus abades también actuaron como señores feudales, propietarios de parte importante de las tierras del entorno. Aunque perdió importancia y poder a partir del siglo XV, siguió en funcionamiento hasta finales del siglo XVIII. La gente ya no vivía en la Ciutadella desde el siglo XVII, pero seguían yendo al monasterio porque la iglesia era la parroquial y en su entorno se situaba el cementerio del pueblo.

La inscripción La inscripción en la que se explica la fundación del monasterio aprovecha el reverso de una mesa de altar, proveniente seguramente de la vieja iglesia tardoantigua. En ella el conde Sunyer II encomienda a su esposa y a sus hijos que encarguen al clérigo Argibad la construcción del monasterio. Al final del texto, el propio Argibad certifica haber cumplido el encargo.