El edificio termal y su entorno fueron totalmente remodelados y reformados en el siglo iv. Ocupando toda el ala sur se construye una factoría dedicada a la fabricación de productos derivados de la pesca (salsas, conservas, etc.). Esta fábrica aprovechaba espacios de las viejas termas, transformando alguna de las antiguas bañeras en depósitos de tratamiento del pescado y ampliando el edificio hacia el este. El espacio central de la factoría lo constituye una sala cuadrangular con cinco depósitos donde, una vez troceado, el pescado se dejaba macerar y se conservaba en aguas saturadas de sal (salmuera). Posteriormente el producto se envasaba en ánforas para su comercialización. Los restos de pescado encontrados en la factoría nos remarcan esta actividad de salazones, con la utilización,  sobre todo,  de atunes, pero también de otras especies, como el delfín.

En época romana las salsas de pescado, como el garum, así como de diversos tipos de pescado en salazón, constituyen elementos esenciales en la dieta y son muy comercializadas a lo largo y ancho del territorio romano. Estas factorías se extendían a lo largo de toda la costa mediterránea, concentrándose en algunos puntos, como por ejemplo las grandes factorías que se han documentado en la costa de la actual Andalucía.

La actividad de esta factoría se prolongó al menos hasta finales del siglo vi d. n. e., aunque sufrió una reducción del espacio y probablemente de la producción. De hecho, una parte de la factoría de salazones se abandonó aproximadamente cien años después de su construcción y se han encontrado algunas zonas utilizadas para enterramientos.

Las monedas Un excelente testimonio de la actividad comercial de la Roses romana, así como de este edificio portuario es la gran cantidad de monedas que se han hallado. En total las excavaciones arqueológicas han documentado en el solar de la Ciutadella más de 800 monedas fechadas entre los siglos iv y vi. Prácticamente todas son monedas de bronce, es decir, la moneda de un valor más bajo y la más utilizada en los intercambios cotidianos. Una gran cantidad de estas piezas se concentra en el interior del edificio portuario. Cabe remarcar que las monedas más modernas que se pueden fechar con fiabilidad son dos piezas bizantinas (primera mitad del siglo vi) acuñadas por el emperador Justiniano I.