Les restes visibles de l’église de Santa Maria ne correspondent pas au bâtiment du moment de création du monastère (Xe siècle), mais à une construction du XIe siècle. L’église a été consacrée l’an 1053. Ceci ne veut pas dire que tout le bâtiment était terminé en ces dates, mais la consécration seulement implique que l’autel est déjà construit et, par conséquent, qu’on peut faire la messe.

L’état de ruine actuel est largement dû aux bombardements de la fin du XVIIIe siècle. L’abside principale, aujourd’hui reconstruite, s’écroula dans un incendie aux années trente du XXe siècle. Cependant, il est possible de capter la structure originale de l’église, édifiée avec le style dénommé «premier art roman» : trois courtes nefs couvertes avec voûte en berceau (semi-circulaire), un ample transept (nef transversale) et un chevet auquel s’ouvrent une abside centrale semi-circulaire et deux absidioles latérales. Le portail ouest date des XIIe-XIIIe siècles. Celui-ci a été trouvé en ruine et s’est reconstruit pendant les travaux de récupération du bâtiment au milieu du XXe siècle.

Le chapiteau Presque rien ne se conserve de la décoration de l’église. Il faut noter le chapiteau nord de l’arc triomphal conservé in situ. Daté au milieu du XVe siècle il représente trois archanges qui soutiennent le texte, écrit en lettre gothique minuscule, de l’hymne de la bonne nouvelle, basé dans l’Évangile selon Luc 2,14: «Gl(ori)a y(n) excelsis Deo et i(n) terra», que s’aurait complété dans le sud avec un second chapiteau et l’inscription: «et in terra pax hominibus bonae voluntatis».