Une forteresse militaire avait besoin d’un hôpital pour assister les blessés. On ne connait pas où était l’hôpital localisé pendant le premier siècle d’existence de la Ciutadella, bien que probablement il profitait d’un bâtiment situé à l’intérieur de la ville médiévale. La construction d’un nouvel hôpital pourrait se dater dans le dernier tiers du XVIIe siècle. La planimétrie militaire de ces moments le représente comme un bâtiment organisé autour d’un patio rectangulaire, avec un accès dans le côté sud, une chapelle qui ressorte au centre de la façade nord et un espace aménagé dans l’est, entre le bâtiment et le terre-plein de la muraille. Dans quelques plans, à l’intérieur du patio il y a deux escaliers qui indiqueraient l’existence d’un premier étage.

À partir du début du XVIIIe siècle les plans montrent une plus grande complexité avec l’adjonction de quelques petits bâtiments dans le patio et l’extérieur, et un nouveau jardin dans le côté sud. De tout cela actuellement il ne reste que  les fondations du tronçon sud du bâtiment, constitué par un grand espace central flanqué par deux chambres de plan quadrangulaire, qui devaient agir de vestibule vers les deux nefs parallèles pour les malades et blessés situées sur les côtés du patio. En ce qui concerne l’entourage du bâtiment les excavations archéologiques ont fait ressortir les restes d’un grand cimetière destiné aux troupes.